İkinci yarıda rakip sahada daha fazla topla oynayan Fenerbahçe, kenardan gelen ortalarda gol aradı. Orta sahada yeterince üretken olamayan sarı-lacivertliler, gol yollarında da fazla etkili olamadı. Maçın 80. dakikasında oyuna giren Robin Van Persie'nin 89. dakika kafayla rakip fileleri havalandırmasıyla Fenerbahçe aradığı golü buldu. Kalan sürede rakibinin baskısına rağmen önemli bir pozisyon vermeyen Fenerbahçe, Yunanistan'dan tek gollü galibiyetle döndü.

Atromitos ikinci yarıda da kontra ataklarla gol aradı. Maçı kendi yarı sahasında kabul eden Yunan ekibi, Fenerbahçe'nin yorulmasıyla son 5 dakika rakip kalede daha fazla gözüktü. İyi oynadığı dakikalarda Van Persie'nin golüne engel olamayan Atromitos, avantajı rakibine kaptırdı.

51. dakikada Souza'nın yaklaşık 25 metreden çektiği sert şutta, kaleci Gorbunov topu son anda kornere tokatladı.

69. dakikada ceza sahasının sağ çaprazında kaleye dönük şekilde topla buluşan Sow, şık bir çalımla yüzünü döndü. Senegalli golcünün sert şutunda, meşin yuvarlak uzak köşeden direğin dibinden az farkla auta gitti.

74. dakikada Caner Erkin, sağ kanattan kazanılan serbest vuruşta topu ceza sahasına ortaladı. İyi pozisyon alan Souza'nın kafa vuruşu etkisiz olunca, meşin yuvarlak kaleci Gorbunov'da kaldı.

79. dakikada Şener Özbayraklı'nın sağdan ortasında kale sahasının önünde Fernandao'nun yaptığı kafa vuruşunda, top yandan dışarı çıktı.

86. dakikada Brito'nun kafayla indirdiği topa ceza sahasında Tallec istediği gibi vuramayınca, Atromitos önemli bir gol şansını kaçırdı.

89. dakikada Fenerbahçe Van Persie'nin golüyle öne geçti. Caner Erkin'in soldan ortasında ceza sahasında Van Persie, düzgün bir kafa vuruşuyla topu filelere gönderdi: 0-1.

90+3. dakikada Napoleoni'nin sağdan ceza sahasına girerek yaptığı sert şutta, top kaleci Volkan'ın kucağına gitti.

Fenerbahçe sahadan 1-0 galip ayrıldı.