Ahmet Kanlıdere Maraş'ta 1961 yılında doğdu. İlk ve Orta öğrenimini Maraş'ta tamamladı. İstanbul Üniversitesi, Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümününden “XVI. Asırda Dulkadırlı Türkmenleri” teziyle mezun oldu. 1983 yılında kaydolduğu Boğaziçi Üniversitesinde okuyarak İngilizce öğrenen Ahmet Kanlıdere 1985'te Marmara Üniversitesine araştırma görevlisi olarak girdi.
1986 yılından itibaren yakın dönem Türk Dünyası üzerinde yoğunlaştı; Ceditçiliğin önde gelen simalarından Musa Cârullah üzerinde yüksek lisans tezi hazırladı. 1988 Yılında, YÖK bursu desteğiyle New York şehrindeki Columbia Üniversitesinin Orta Asya Araştırmaları Bölümüne kaydoldu. 1995'te Kazan Tatarları arasında yenileşme hareketini ele alan doktora tezi ile mezun oldu.
Ahmet Kanlıdere, 1996'da yeniden Marmara Üniversitesine döndü, 1999'da doçent oldu. 2000 - 2001 Öğretim yılında Kazakistan Yesevi Üniversitesinde Türk Tarihi ve İngilizce dersleri verdi. Daha sonra Marmara ve Yeditepe Üniversitelerinde Türk dünyasının XIX. ve XX. asırdaki düşünce tarihi ile Rusya Tarihi dersleri okuttu. 2004-2007 Yılları arasında Taşkent Büyükelçiliğinde Kültür ve Tanıtma Müşaviri olarak görev yaptı. Yeniden Marmara Üniversitesi'ndeki görevine döndü ve 2009'da Profesör oldu. Hâlen, Genel Türk Tarihi Anabilim Dalı Başkanlığını yürütüyor.
