Ali Hamaney Azerbaycanlı Ayetullah Seyyid Cevad Hüseyni Hamaney'in ve Yezdli Hatice Mirdamadi'nin çocuğu olarak 17 Temmuz 1939 tarihinde Razavi Horasan Eyaleti'nin Meşhed şehrinde doğdu.
Dini bilimleri öğrenmeye Meşhed şehrinde başladı. Daha sonra 2 yıl Necef'te, 6 yıl Kum'da okudu. Meşhed'de Ayetullah Milani'nin fıkhın harici derslerine katıldı. Daha sonralar yeniden Kum'a döndü. Burada Ayetullah Humeyni'nin fıkıh ve usul derslerine, Ayetullah Burucerdi ve Allame Tabatabai'nin felsefe derslerine katıldı. Ayetullah Burucerdi ve Ayetullah Şahrudi'nin yanında içtihada ulaştı.
1963 yılında Ayetullah Ruhullah Humeyni önderliğindeki İslami Hareket'e katıldı. 1977 yılında İran Şahı Muhammed Rıza Pehlevi tarafından sürgüne gönderilmek istense de mensubu olduğu İslami Hareket'in büyümesi üzerine sürgüne gönderilmedi ve Meşhed şehrine geri döndü.
İran İslam Devrimi'nin gerçekleşmesi ve Ayetullah Humeyni'nin sürgünden dönmesi üzerine İslam İnkılabı Yüksek Şurası üyeliğine atandı. Bu görev üzerine Meşhed'den Tahran'a geldi.
1979 yılında İran Savunma Bakan Yardımcısı oldu. Aynı yıl Tahran vekili olarak İslami Şûra Meclisi'ne seçildi. 1980 yılında Humeyni tarafından İran Yüksek Savunma Şurası üyeliğine atandı.
İran-Irak Savaşı'nda görev aldı. 27 Haziran 1981 tarihinde Ebuzer Camisi'ne yapılan bombalı saldırıda ağır yaralandı.
İran Cumhurbaşkanı Muhammed Ali Recai'nin bombalı saldırı sonucunda ölmesi üzerine Ekim 1981'de yapılan cumhurbaşkanlığı seçimlerinde aday oldu ve Humeyni'nin de onayıyla 16 milyon oy alarak 3. İran Cumhurbaşkanı seçildi. 1985 yılında ikinci kez cumhurbaşkanlığına seçildi.
Ayetullah Humeyni tarafından 1986 yılında kurulan Düzenin Yararını Teşhis Konseyi'nin Başkanlığı'na getirildi.
3 Haziran 1989 tarihinde Ayetullah Humeyni'nin vefat etmesi üzerine, 4 Haziran 1989 tarihinde Haşimi Rafsancani'nin tavsiyesi ile Uzmanlar Meclisi tarafından dini lider seçildi. Seçilmesine hocalarından olan eniştesi Şeyh Ali Tehrani ve Ayetullah Ali Montazeri karşı çıktı.
