Besud/Beshud kabilesinden Baycu Noyan, Cengiz Han'ın önemli komutanlarından Jebe'nin akrabasıydı. 1228 senesinde İsfahan seferine katıldı. Daha sonra Cormagon Noyan'ın komutasında Kafkasya bölgesine düzenlenen akınlara katıldı.
1241 senesinde hastalanan Cormagon Noyan'ın yerine Mugandaki Moğol ordusunun başına getirilen Baycu Noyan, Babai ayaklanması sonucu Anadolu Selçuklularının zayıflamasını fırsat bildi ve içerisinde Ermeni ve Gürcülerin de bulunduğu 30.000 kişilik bir orduyla Mugan'dan hareket etti.
Ordusuyla 1242 senesi sonbaharında Erzurum önlerine gelerek şehri kuşattı. Erzurum'u kısa sürede ele geçiren Baycu Noyan kenti yağmaladıktan sonra şehir surlarını da yıktırarak Mugan'a geri döndü. 1243 senesinde Kösedağ Muharebesinde II. Gıyaseddin Keyhüsrev komutasındaki Selçuklu kuvvetlerini büyük yenilgiye uğrattı.
Savaştan hemen sonra kendisine teslim olan Sivas' a girerek şehri yağmalattı. Kendisine direnen Tokat ve Kayseri şehirlerini de ele geçirerek tahrip etti. Azerbaycan'a dönerken Erzincan'ı da alarak tahrip ettirdi. Bu başarıları sonucunda Anadolu Selçuklulularını Moğallar'a bağlı bir devlet haline getirdi.
1245 senesinde Ahlat ve Amid'i ele geçirdi. 1246 yılında yeni Moğol hükümdarı Güyük Han tarafından vazifesinden alındı ve yerine Eljigidei getirildi. Han' ın hayatını kaybetmesinden sonra, 1251 senesinde yeni Moğol Hanı olan Möngke' nin kendi hanlığına karşı gelen Eljigidei' yi öldürtmesiyle Baycu Noyan yeniden İran topraklarındaki Moğol ordularının komutanlığına geldi.
Hülagü'nün İran ve batı bölgelerini "İlhan" ünvanıyla idare için ordusuyla bölgeye gelince, askerleriyle Azerbaycan'daki Mugan ordugahından ayrılarak yaylak ve kışlak bulmak için Anadolu topraklarına girdi. Ordusuyla Aksaray'a kadar gelen Baycu, isteklerinin yerine getirilmemesi üzerine yapılan savaşta Anadolu Selçuklu ordusunu bir defa daha yenilgiye uğrattı. 1256 senesinde ordusuyla Konya'yı kuşatacağı an, Konya halkının topladığı altınları kendisine teslim etmesi üzerine yalnızca şehrin surlarını yıktırarak geri çekildi. 1258 senesinde Hülagü Han'ın Bağdat seferine katılmak üzere çıktığı seferde Elbistan'ı ele geçirdi. Aynı sene Düceyil Muharebesinde Abbasi ordusunu tamamen imha etti. Bağdat Kuşatmasına katılarak şehrin alınmasına yardımcı oldu.
Baycu Noyan'ın ne zaman ve nasıl öldüğüyle ilgili bilgiler oldukça azdır. Bazı kaynaklara göre, Bağdat seferi esnasında kendisine katılmakta tereddüt etmesi ve Halife Mustasım Billah ile gizlice yazışmasından dolayı Hülagü Han tarafından öldürtülmüştür. Baycu Noyan'dan son olarak Hülagü Han'ın Suriye'nin işgali için Eylül 1259 senesinde yapılan hazırlıklarda bahsedilmektedir.