Halikarnas Balıkçısı olarak bilinen Cevat Şakir Kabaağaçlı 1890 yılında babası tarihçi, yazar ve vezir Mehmet Şakir Paşa Girit'te yüksek komiserlik görevinde iken Girit'te doğdu.
Doğum yeri ve tarihi konusunda farklı kaynaklar farklı bilgiler vermektedirler.
Annesi İsmet Hanım'dır. Cevat Şakir baba tarafından Şakirpaşa Ailesi olarak tanınan köklü bir Osmanlı ailesine mensup olup, amcası II. Abdülhamit'in sadrazamlarından Cevat Şakir Paşa'dır.
Çocukluğu babasının elçilik yaptığı Atina'da geçmiştir. 1904'te Robert Kolej'ini bitirdi ve yüksek öğrenimini 1908'de İngiltere'de Oxford Üniversitesi Yeni Çağlar Tarihi Bölümü'nde tamamladı. 1913'te evlendiği İtalyan eşiyle İtalya'da kaldı. Bu sırada resim dersleri aldı, İtalyanca ve Latince öğrendi. 1914'te babası Mehmet Şakir Paşa, Cevat Şakir'in tabancasından çıkan bir kurşunla Afyon'da ölünce Cevat Şakir 14 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Cezasının yedi yılını çektikten sonra yakalandığı verem hastalığından ötürü affedilip tahliye edildi.
Bir süre tekkeye devam etti. 1910-1925 arasında Resimli Ay ve İnci gibi dergilere yazılar yazdı; kapak resimleri, süslemeler, karikatürler çizdi. Zekariya Sertel 'in çıkardığı Resimli Hafta 'da Hüseyin Kenan takma adıyla yazdığı “Hapishane İdama Mahkum Olanlar Bile Bile Asılmağa Nasıl Giderler” adlı öykü yüzünden Ankara İstiklal Mahkemesi'nde yargılandı ve Bodrum'da 3 yıl sürgün cezasına çarptırıldı (1925). Bir buçuk yıl sonra cezası affa uğrayınca İstanbul'a dönmedi, çok sevdiği Bodrum'da kaldı. 1947'de İzmir Karataş'a yerleşerek hayatını gazetecilik ve turist rehberliğiyle kazandı.
1973'te kemik kanserinden İzmir'de öldü.
İki çocuğu vardı. (Oğlu Suat Kabaağaçlı, Kızı İsmet Kabaağaçlı Noonan)