Ebu'l-Hasan Beni Sadr 22 Mart 1933'te Hemedan'da doğdu. Babası Ayetullahtı ve Ruhullah Humeyni'ye yakındı. Paris Üniversitesi'nde finans ve ekonomi okudu. Beni Sadr, 1960'ların başında Şah'a karşı olan öğrenci hareketlerine katılmış ve iki kez hapse atılmış ve 1963'te bir ayaklanma sırasında yaralanmıştır ve sonra Fransa'ya kaçtı.

Daha sonra Humeyni liderliğindeki İran direniş grubuna katılarak danışmanlarından biri haline geldi. Devrimin başarıya ulaşmasının ardından Beni Sadr Humeyni ile birlikte İran'a döndü. İslami finans üzerine "Tevhidin İktisadı" adında bir kitap yazdı.

İran Devrimi'nden sonra 4 Şubat 1979'da maliye bakan yardımcılığı görevine getirildi ve 27 Şubat 1979 tarihine kadar bu görevde kaldı. Geçici maliye bakanı Ali Erdalan'ın 27 Şubat 1979'da istifasından sonra Başbakan Mehdi Bazergan tarafından maliye bakanı seçildi.

12 Kasım 1979'da geçici hükümet istifa ederken İslam Devrimi Konseyi önderliğindeki hükümette İbrahim Yezdi yerine dışişleri bakanı olarak atandı. Beni Sadr, cumhurbaşkanlığı seçimlerinde yüzde 78.9 oy alarak 25 Ocak 1980'de cumhurbaşkanlığına seçildi ve 4 Şubat'ta göreve başladı. Humeyni, cumhurbaşkanını görevden alma anayasal yetkisi ile İran'ın En Büyük Lideri olarak kaldı. İran-Irak Savaşı sırasında Humeyni tarafından 10 Haziran 1981'de başkanlık komutanlığına atandı. Humeyni ve din adamları ile ihtilafa düştü. Muhammed Beheşti'ye karşı gelmekle suçlanarak cumhurbaşkanlığı sarayı Devrim Muhafızları tarafından kuşatıldı, yakınları gözaltına alındı ve bu olaydan sonra İran'ı terk ederek Fransa'ya gitti