Emre Bağce 1972 yılında Sivas Zara'da doğdu. İlkokulu Zara'da, Ortaokul ve Liseyi İstanbul'da okudu.
1995 yılında Boğaziçi Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü'nden mezun oldu. Cumhuriyet Üniversitesi'nde Kamu Yönetimi Bölümü Siyaset ve Sosyal Bilimler Anabilim Dalı'nda araştırma görevlisi olarak çalıştı; aynı kurumda yüksek lisans yaptı. 1997-2001 yıllarında Boğaziçi Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü'nde doktora çalışmalarını sürdürdü ve doktora derecesini aldı.
2001 yılında Kocaeli Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi Bölümü'nde yardımcı doçent olarak çalışmaya başladı. 2005'te siyasal düşünceler alanında doçent oldu.
Bölüm başkanlığı, anabilim dalı başkanlığı, dekan yardımcılığı fakülte kurulu ve fakülte akademik değerlendirme ve kalite geliştirme kurulu üyeliği gibi birçok idari ve akademik görevde bulundu. Lisans ve lisansüstü düzeyde Siyasal Düşünceler Tarihi, Siyasi Tarih, Siyaset Kuramı, Çağdaş Siyasal İdeolojiler, Türk Siyasal Hayatı, Medya ve Propaganda, Siyasal Kampanya Yönetimi ve Siyasal Belgesel İncelemeleri gibi dersler veren Bağce'nin çeşitli kitap ve dergilerde siyaset, ideoloji, bilim, demokrasi, yerel yönetim, etik, modernite, savaş, küreselleşme ve emperyalizm konularını işleyen makaleleri ve araştırma raporları yayınlandı. Ayrıca TBMM Parlamento Tarihi Araştırma Grubu bünyesinde 1973-1977 dönemine dair çalışmalarda bulundu. Frankfurt Okulu (Doğu Batı Yayınları, 2006) ve Sokrates'ten Âşık Veysel'e İnsan Toplum ve Yönetim Üstüne Denemeler (Umuttepe Yayınları, 2010) başlıklı kitapların editörlüğünü gerçekleştirdi.
2011 yılında Marmara Üniversitesi İletişim Fakültesi'nde profesör oldu.
Halen Marmara Üniversitesi Gazetecilik Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapıyor.
