Ertan Aydın, 6 Haziran 1971 yılında Ardahan'da doğdu.

Orta Doğu Teknik Üniversitesi Sosyoloji Bölümü'nden mezun olduktan sonra, Bilkent Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi Bölümü'nde yüksek lisans ve doktora yaptı. 

Harvard Üniversitesi'nde ve Dartmouth Üniversitesi'nde araştırmacı olarak bulunan Aydın, Çankaya Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü'nde öğretim üyesi olarak çalıştı.

Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın siyasi işlerden sorumlu başdanışmanı olarak atandı. Pollmark Araştırma Şirketi'nin kurucuları arasındadır.

Ertan Aydın, çok iyi düzeyde İngilizce, orta düzeyde Almanca bilmektedir. Evli ve üç çocuk babasıdır.