Habib Burgiba Tunus Beyi'nin ordusunda görev yapmış bir teğmenin 8 çocuğundan en küçüğü olarak 3 Ağustos 1903'te Tunus'ta dünyaya geldi.
Tunus'ta Arapça ve İslam dini konusunda sağlam bir eğitim gördükten sonra Sorbonne'da hukuk ve siyaset bilimi okudu. Ülkesine döndükten sonra avukatlık yapmaya başladı. 1934'te bağımsızlık mücadelesine önderlik edebileceğini düşündüğü bazı genç arkadaşlarıyla Düstur Partisi'ni kurdu. 1933'te partiden ayrılarak L'Action Tunisienne (Tunus Eylemi) adlı bir gazete çıkardı. ,1934'te ise Neo Destour Partei'i (Yeni Düstur Partisi) kurduktan sonra önce partinin genel sekreteri, ardından 1948'de de partinin başkanı oldu. Örgütleyici özelliğiyle sivrilerek, parti örgütlerini kırsal kesime yaydı ve o güne kadar kentlerde seçkin bir tabakanın tekelinde olan ulusal hareketin halk kitleleriyle bütünleşmesini sağladı. Öte yandan siyasi faaliyetleri yüzünden kısa sürede Fransız sömürge yönetiminin dikkatini çekti ve aynı yıl Fransızlar tarafından tutuklandı. Burgiba 1936'da Halk Cephesi'nin yönetime geçmesiyle serbest bırakıldıysa da 1938'de yeniden tutuklandı ve Marsilya'da Kasım 1943'e kadar cezaevinde kaldı.
Tekrar özgürlüğüne kavuştuktan sonra Tunus'un bağımsızlığı için mücadelesini sürdürdü. 1946'da kurulan Arap Birliği'nin desteğini kazandı. Sürekli olarak diplomasi yoluyla ve görüşmelerde Tunus'un bağımsızlığını sağlamaya çalıştı. Tunus'a 1955'te özerklik, 1956'da da bağımsızlık, verilmesini sağladı. 1957'de Tunus'un ilk cumhurbaşkanı oldu. 1974'te yapılan bir referandumla yaşam boyu devlet başkanlığına seçildi. İsrail'e karşı verilen savaşta Filistin Kurtuluş Örgütü'nü destekledi. 1979'da Mısır'ın İsrail ile Camp David Antlaşması'nı imzalamasıyla Arap Birliği Örgütü'nün merkezinin Tunus'a taşınmasını sağladı. 1982'de İsrail'in Lübnan'ı işgal etmesiyle Lübnan'ı boşaltmak zorunda kalan Filistinlilerin büyük bölümünün ve Yaser Arafat'ın ve FKÖ karargâhının Tunus'a yerleşmesine izin verdi. 1983'ten sonra Yeni Düstur Partisi'nin ve Tunus İşçi Sendikaları Federasyonu'nun desteğine karşın fiyatların protestosu ve grevler karşısında yönetimi zor günler yaşadıysa da bazı ekonomik yeniliklerle yönetimini sürdürmeyi başardı.
Milliyetçilerin 1952-1954 arasında giderek artan şiddet hareketlerine yönelmeleri üzerine, önce baskıcı önlemlere başvuran Fransız yönetimi, yöntemlerinin etkisiz hale gelmesi üzerine Burgiba ile görüşmelere başladı. 20 Mart 1956'da Fransa başbakanı Guy Mollet ile Tunus'a bağımsızlık verilmesini öngören bir antlaşma imzaladı. 1957'de krallığın kaldırılmasından sonra cumhurbaşkanlığına seçildi.
1959'da, İslam'ı devletin resmi dini olarak korumakla birlikte bir laikleştirme sürecine girildi. Çokeşliliği yasaklayan, evlilik ve boşanmada hukuki yöntemlerin izlenildiği, dini bağışların kontrol altına alındığı ve Ramazan ayında iş yaşamının aksamamasını sağlayan yeni bir anayasayı yürürlüğe koydu.
Dış politikada tarafsızlık politikası izlenildi. Bununla birlikte Tunus'un kültürel ve eğitsel bakımlardan Fransa'ya yakınlığını sürdürdü. Öte yandan iktidarı boyunca Fransa'yla iki büyük kriz yaşadı. 1961'de diğer Arap ülkelerinden gelen baskıların da etkisiyle 1956 antlaşmasıyla Fransa'ya bırakılan Bizerte'nin Tunus'a iade edilmesi talebinin reddedilmesi üzerine başlattığı askeri saldırı ve Fransız direnişi binden fazla Tunuslu'nun hayatını kaybetmesine neden oldu, Fransızlar 1963'te Bizerte'den çekildiler. 1964'te Fransız göçmenlerinin topraklarını kamulaştırması, Fransa'yla olan ilişkilerin daha da gerginleşmesine yol açtı.
Arap Birliği'nin kararlarına karşı bağımsız bir tutum takındı. Kendisini "Tunus halkının eğiticisi" ilan eden Burgiba, 1975'te ömürboyu cumhurbaşkanı seçildi. Laisist uygulamaları ve Batıcı sosyal reformlarıyla öne çıktı. Nasırcı Arap sosyalizminden yana olan Burgiba'nın Düstur Sosyalist Partisi güçlü konumunu sürdürse de, 1980'lerde ülkedeki muhalefet giderek etkili olmaya başladı. 1986'da aldığı ani bir kararla, ardılı olarak seçmiş olduğu Muhammed Mzali'yi başbakanlıktan uzaklaştırarak yerine, Radikal İslamcıları sindiren içişleri bakanı Zeynel Abidin Bin Ali'yi atadı. Bin Ali, Burgiba'nın ilerleyen yaşının ülkeyi etkin biçimde yönetmesini engellediğini öne sürerek, Kasım 1987'de Burgiba'nın cumhurbaşkanlığını elinden aldı. Ölümüne kadar Monastir'deki evinde ev hapsinde tutuldu.
Kasım 1987'de devrilen Burgiba, 13 yıl boyunca Manastır'da hükümet gözetiminde yaşadıktan sonra Nisan 2000 tarihinde öldü.