II. Gıyaseddin Mesud, babası 14. Anadolu Selçuklu sultanı II. İzzeddin Keykavus'un 1279 yılında Kırım‘da vefat etmesinin ardından 1280 yılında deniz yoluyla Sinop‘a geldi. Kastamonu uç beyi Çobanoğlu Muzafferüddin Yavlak Arslan onu alıp önce Moğol Valisi Samagar Noyan'a, ardından İlhanlı Hükümdarı Abaka Han'a götürdü. Abaka Han Erzurum, Erzincan, Sivas, Diyarbekir ve Harput'un idaresini II. Gıyaseddin Mesud'a tahsis etti ve bir müddet onu Tebriz‘de yanında tuttu.
İlhanlı Hükümdarı Abaka Han'ın ölümünden sonra yerine geçen Ahmed Teküder, Anadolu Selçuklu topraklarını 1282 yılında II. Gıyaseddin Mesud ile III. Gıyaseddin Keyhüsrev arasında paylaştırdı. Ancak III. Gıyaseddin Keyhüsrev bu durumu kabul etmedi ve Moğollar'ın Anadolu valisi Kongurtay ile Vezîr Sâhib Ata Fahreddin Ali'yi yanına alarak Ahmed Teküder ile görüşmek üzere yola çıktı. Bu sırada Ahmed Teküder, rakibi Argun'un Kongurtay ile birleşerek kendi hanlığı aleyhinde faaliyette bulunduğunu öğrenip onlara karşı mücadele başlattı. Bu durum Keyhusrev'in yolculuğunun yarıda kalmasına sebep oldu. Keyhusrev bir süre sonra hanın merkezine ulaşmayı başardı. Ancak bu defa da Ahmed Teküder'in mücadeleyi kaybedip Argun'un han olması planlarını bozdu.
Yeni İlhanlı hükümdarı Argun Han, Tebriz'de bekleyen II. Gıyaseddin Mesud‘u Anadolu Selçuklu sultanlığına tayin etti. III. Gıyaseddin Keyhüsrev öldürüldü. Tebriz'den Anadolu'ya sultan olarak dönen Gıyâseddin Mesud önce Kayseri‘de, ardından Konya‘da tahta çıktı
II. Gıyaseddin Mesud‘un Anadolu Selçuklu tahtına oturması uzun zamandır rahat yüzü görmeyen halk için bir ümit ışığı oldu. Ancak o da kendinden önceki hükümdarlar gibi “gölge sultan” olmaktan öteye gidemedi. Bu devirde ülke Moğol kumandanları ile İlhanlılar adına Anadolu'yu idare eden valilerin hâkimiyeti altındaydı.
Anadolu Selçuklu Devleti hem İlhanlılar'a haraç ödüyor, hem de Anadolu'da bulunan Moğol şehzade ve kumandanlarının idaresindeki orduların ihtiyaçlarını karşılıyordu. Anadolu'ya Moğol ordularının gelmesi halktan alınan vergilerin artması, açlık ve sefalet demekti. Anadolu halkı bir taraftan Moğollar'ın baskısı sonucu artan vergileri ödemek, diğer taraftan Türkmen saldırılarına dayanmak ve Selçuklu devlet adamlarının yolsuzluklarına katlanmak zorunda bırakılıyordu.
Konya ve civarında da Karamanoğulları ve Eşrefoğulları Anadolu Selçukluları'nı tehdit ediyordu. Sultan II. Mesud'un Kayseri‘de ikamet etmesini fırsat bilen III. Gıyaseddin Keyhüsrev‘in annesi torunlarını Konya'da tahta çıkaracak kadar güçlendi. Kendisini desteklemeleri için Karamanoğlu Güner Bey'i beylerbeyi, Eşrefoğlu Halil Bey'i saltanat nâibi tayin etti. Bu iki beyin desteğiyle şehzadeler törenle sultan ilân edildiyse de bunlar çok geçmeden 1285 yılında ortadan kaldırıldı.
İlhanlı hükümdarı Argun Han, 1285 yılında Türkmenler'i cezalandırmak için kardeşi Geyhatu idaresinde masrafları halktan toplanan vergilerle karşılanan 20.000 kişilik bir kuvveti Anadolu'ya gönderdi. O yılı Erzincan‘da geçiren Geyhatu ertesi yıl Sivas ve Kayseri üzerinden Aksaray‘a geldi. Geyhatu'nun yanında Sultan II. Gıyaseddin Mesud da vardı. Ordunun hareketi sırasında halkın pek çoğunun evlerini terkederek mağaralara saklanmasına sinirlenen Geyhatu Konya üzerine yürüdü, ancak Mevlana Celâleddîn-i Rûmî'nin oğlu Sultan Veled onunla görüşüp Konya halkına zarar vermeden geri dönmesini sağladı. Bu arada Sultan II. Gıyaseddin Mesud, kendisine karşı harekete geçen Germiyanoğulları‘nı Sultan Baltu kumandasındaki Moğol kuvvetlerinin yardımıyla bozguna uğrattı.
1291 yılında İlhanlı hükümdarı Argun Han ölünce Geyhatu Han Ahlat dolaylarında tahta çıktı. Konya üzerine yürüyen Karamanoğulları Beyşehri'ni alıp Konya'yı üç gün yağmaladı. Sultan II. Gıyaseddin Mesud‘un kardeşi Rükneddin de Kayseri‘den bir kuvvetle Konya‘ya yardıma geldi. Ancak bu kuvvetler Karamanoğulları‘nı engellemeye yetmedi. Neticede Sultan Mesud Geyhatu'dan yardım istemek zorunda kaldı. Geyhatu Moğol ordusu ile Anadolu'ya girdi. Sultan Mesud onu Kayseri'de karşıladı; bu haber Konya halkını rahatlattı.
1295 yılında İlhanlı hükümdarı Baydu han oldu. Aynı yıl idareyi Gazan Han yönetti. Ancak Baltu, Gazan Han'a karşı isyankâr tavırlar içine girdi. Baltu, bu sebeple Tebriz‘e çağırıldı, ama gitmediği gibi Tebriz'e gitmek isteyen Sultan II. Gıyaseddin Mesud‘a engel oldu.
İlhanlı hükümdarı Gazan Han 1296 yılında Tebriz'den Anadolu'ya 30.000 kişilik bir ordu gönderdi. Mağlûp olunca Ermeni krallığına sığınan Baltu yakalanıp Tebriz'de 1297 yılında idam edildi.
Sultan II. Gıyaseddin Mesud İlhanlı hükümdarı Gazan Han'a Baltu'nun kendisini zorla yanında tuttuğunu anlattıysa da mazeretleri Gāzân Han'ı tatmin etmediği için hükümdarlıktan uzaklaştırılıp Hemedan‘da ikamete mecbur edildi. Yerine iki yıl sonra 1298 yılında kardeşi Ferâmurz'un oğlu III. Alaaddin Keykubad Anadolu Selçuklu tahtına geçirildi
Ancak III. Alaaddin Keykubad'ın Sivas, Malatya, Divriği ve diğer yerlerde yaptığı zulüm ve haksızlıklar Moğollar'ı bile rahatsız ettiğinden tahttan indirilip yerine II. Gıyaseddin Mesud 19 Mayıs 1303 tarihinde tekrar Anadolu Selçuklu tahtına çıkarıldı
II. Gıyaseddin Mesud, 1308 yılında uzun süre hasta yattıktan sonra Kayseri‘de öldü. Kabri Samsun‘un Vezirköprü ilçesine bağlı Tatar Kalesi köyünde bulunuyor. Onun ölümünden sonra Anadolu Selçuklu Devleti tamamen yıkıldı.
