Sultan İkinci Mustafa, 6 Şubat 1664 günü İstanbul'da dünyaya geldi. Babası Sultan Dördüncü Mehmed, annesi Emetullah Rabia Gülnuş Sultan.
Sultan İkinci Mustafa döneminde Avusturya üzerine üç büyük sefer düzenlendi. Ancak 11 Eylül 1697'de uğranılan Sente mağlubiyeti ile Osmanlı Devleti bir anda savunmasız kaldı. Bu arada Venedikliler Mora ve Dalmaçya'ya, Lehistan ise Boğdan'a saldırdı. Aynı dönemde Rusya'nın başına Deli Petro geçmişti. Deli Petro ordusunu modernize etmiş, boğazlardan Akdeniz'e inme ve Karadeniz'e egemen olma çabalarına girişmişti. 1695'deki saldırıda başarısız olmuş, fakat bir yıl sonra Azak Kalesini ele geçirmişti
Uzun süren savaşlar sonunda Osmanlı Devleti yorgun düşmüştü. Özellikle İngiliz hükümetinin araya girmesi sonucu, Sultan İkinci Mustafa barışa razı oldu. 26 Ocak 1699 tarihinde imzalanan Karlofça Antlaşmasıyla Banat ve Temeşvar hariç, bütün Macaristan ve Erdel Beyliği Avusturya'ya, Ukrayna ve Podolya Lehistan'a, Mora ve Dalmaçya kıyıları Venediklilere bırakıldı Karlofça Antlaşması Osmanlı Devleti'nin toprak kaybettiği ilk antlaşmadır. Bu tarihten sonra Osmanlı Devleti'nin gerileme dönemi başlar. Ayrıca bir yıl sonra Rusya ile de bir antlaşma yapıldı. 14 Temmuz 1700 tarihinde imzalanan İstanbul Antlaşması ile Azak kalesi Rusya'ya bırakıldı.
1703 yılına gelindiğinde Osmanlı Devleti'nin kötü gidişatı devam ediyordu . Padişah tahta çıktığında söylediklerini unutmuş gibiydi. "Zevk ve sefa bana haram olsun" dediği halde, av partileri düzenliyor, aylarca av peşinde dolaşıyordu. Devlet işlerini sadrazamlarına ve eski hocası olan sonradan şeyhülislam yaptığı Feyzullah Efendi'ye bırakmıştı. Bu durum ordu içinde hoşnutsuzluğa yol açtı.
Sultan İkinci Mustafa ava merak saldığı için İstanbul yerine Edirne'de oturmaya başladı. İstanbul'daki askerler bu duruma isyan edip, Edirne üstüne yürüdüler. Sultan İkinci Mustafa, Edirne'de bulunan askerleri teşkilatlandırıp yolları tutturdu ama Edirne Ordusunun komutanları kardeş kanı dökmemek için geri çekildiler. İstanbul'dan gelen ordu Edirne'ye girdi. Sultan İkinci Mustafa tahttan indirildi. 22 Ağustos 1703 yılında yerine öz kardeşi Sultan Üçüncü Ahmed tahta çıkarıldı
Sultan İkinci Mustafa tahttan indirildikten sonra fazla yaşamadı. 4 ay 8 gün sonra öldü. Cenazesi İstanbul'a getirilip, Turhan Sultan türbesinde babası Sultan Dördüncü Mehmed'in yanına gömüldü.