Mustafa Akıncı 28 Aralık 1947 tarihinde Kıbrıs'ın Limasol kentinde dünyaya geldi.
Limasol'da 19 Mayıs Lisesi'nde eğitim gören Akıncı burada tiyatro oyunlarında sahne aldı Lise eğitiminin ardından Orta Doğu Teknik Üniversitesi Mimarlık Fakültesi'nden mezun oldu. Üniversitede bulunduğu dönem Türkiye'de 68 Kuşağı'nın etkinlik gösterdiği dönemdi ve Akıncı o dönemin öğrenci hareketlerinden etkilendi. Üniversitede Kıbrıslılar Cemiyeti'nin yönetiminde yer aldı. 1973 yılında adaya döndü ve Lefkoşa'ya yerleşti.
1975 yılında oluşturulan Kıbrıs Türk Federe Devleti Kurucu Meclisine seçildi. 24 Mayıs 1976 tarihindeki yerel seçimde Lefkoşa Türk Belediyesi başkanlığı için Toplumcu Kurtuluş Partisi'nden (TKP) aday oldu. Cumhuriyetçi Türk Partisi'nin desteğini aldı. Seçimdeki en büyük rakibi Cumhurbaşkanı Rauf Denktaş'ın desteklediği Ulusal Birlik Partisi (UBP) adayı iş adamı Nevzat Uzunoğlu'ydu. Akıncı 1500 oy farkla ve %48.99'luk bir oranla Lefkoşa Türk Belediyesi'nin ilk seçilmiş başkanı olurken Uzunoğlu %31.81'de kaldı. 1990 yılına kadar bu görevi kesintisiz yürüttü. 1 Haziran 1980 tarihli ikinci seçiminde %39.98 oranla yeniden seçildi. 2 Haziran 1986 tarihli üçüncü seçiminde UBP belediyeyi almak için kapsamlı bir kampanya yürütse de UBP adayı Ramiz Manyera'nın aldığı %40.93'lük oy yetersiz kaldı; Akıncı %46.42 ile üçüncü bir dönem için seçildi.
Kıbrıs Türk Belediyeler Birliği'nin kuruluşunda etkin rol üstlenerek birliğin ilk başkanlığını yaptı.
1987 yılından 2001 yılına kadar Toplumcu Kurtuluş Partisi (TKP) Genel Başkanlığı görevinde bulundu 1993 - 2009 yılları arasında da Milletvekilliği görevini sürdürdü. 1999-2001 döneminde ise Başbakan Yardımcılığı ve Turizm Bakanlığı görevini üstlendi. Annan Planı döneminde oluşturulan Barış ve Demokrasi Hareketi'nin (BDH) kurucularından oldu. Toplumcu Demokrasi Partisi'nin oluşumu ile birlikte başkanlık görevini devretti.
Mustafa Akıncı Oxford, Harvard ve Yale Üniversiteleri gibi dünyaca tanınmış akademik platformlar ile Chatham House gibi uluslararası forumlarda Kıbrıs konusuna ilişkin konferanslar verip panellere konuşmacı olarak katıldı.
14 yıl boyunca Lefkoşa Türk Belediyesi başkanlığı yaptı. 2015 Kuzey Kıbrıs Cumhurbaşkanlığı seçimlerine bağımsız aday olarak katıldı ve ikinci turda aldığı 60.50%'lik oyla Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı seçildi.
2015 Kuzey Kıbrıs Cumhurbaşkanlığı seçimlerinde ikinci turda Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı seçilmesi ile birlikte Kıbrıs sorununu çözmek üzere çalışmalara da hız veren Mustafa Akıncı 11 ve 15 Mayıs 2015'te Kıbrıs müzakereleri çerçevesinde Kıbrıslı Rum Lider Nikos Anastaiades ile görüşmelere başladı.
LTB Başkanlığı sırasında Lefkoşa Rum Belediye Başkanı ile Lefkoşa Kanalizasyon Projesi ve Lefkoşa İmar Planı konularında uzlaşma sağlayarak bu projelerin işbirliği içinde hayata geçmesini sağladı. Bu çerçevede Lefkoşa İmar Planı 1989 yılında 'Dünya Habitat Ödülü'ne, 2007 yılında ise Ağa Han (Aga Khan) mimarlık ödülüne layık görüldü. 2003 yılında da Lefkoşa Rum Belediyesi eski Başkanı ile yaptıkları çalışmalardan ötürü 'Europa Nostra Onur Ödülü (Medal of Honour)'ne layık görüldü.
Belediye Başkanlığı'nda 14 Yıl isimli kitabı bulunan Mustafa Akıncı, Meral Akıncı'yla evli ve üç çocuk, iki torun sahibi
