Mustafa Hamdi Sayar 1958 yılında İstanbul'da doğdu.
İstanbul Üniversitesi, Edebiyat Fakültesinde Klasik Diller, Klasik Arkeoloji ve Eski Çağ Tarihi bölümlerinde eğitim gördü ve Eylül 1978´de mezun oldu.
Kış sömestrinde Köln Üniversitesi, Eski Çağ Tarihi bölümünde doktora öncesi araştırma çalışması yaptı. 1984–1989: Viyana Üniversitesi, Eski Çağ Tarihi Bölümünde doktora öğrenimi. Aynı Üniversitenin, Klasik Filoloji, Klasik Arkeoloji, Nümismatik ve Bizans tarihi Bölümlerinden yardımcı sertifikalar aldı. 1989 yılında Viyana Üniversitesinden, Perinthos, Herakleia (= Marmara Ereğlisi, Tekirdağ) ve çevresi eskiçağ ve geç antik dönem yazıtları ve tarihi- coğrafyası konulu doktora tezi ile mezun oldu ve Dr. phil. Unvanını aldı. 1993 yılında İstanbul Üniversitesi, Edebiyat Fakültesi, Eski Çağ Tarihi Bölümünde Doçentlik sınavını kazandı ve Doçent unvanını aldı.
1979–1986 yılları arasında İstanbul Arkeoloji Müzelerinde araştırma asistanı oldu. Bu görev kapsamında Müzenin İstanbul ve komşu illerdeki çeşitli arkeolojik kazı, araştırma gezisi, sergileme çalışmaları ile diğer kültürel etkinliklerine katıldı. 1989–1997 yılları arasında Viyana Üniversitesi, Eski Çağ Tarihi Bölümünde, asistan olarak öğretim ve araştırma faaliyetlerinde bulundu. 1988'den beri Adana, İçel, Hatay, Osmaniye ve Antalya illerinde eskiçağ dönemi yerleşim arkeolojisini ve tarihi-coğrafyasını saptamaya yönelik araştırma ve yayın projelerinin yürütücülüğünü yapıyor.
1990'dan beri İstanbul, Tekirdağ, Edirne, Kırklareli ve Çanakkale illerinde eskiçağ dönemi yerleşim arkeolojisini ve tarihi-coğrafyasını saptamaya yönelik araştırma ve yayın projelerinin yürütücülüğünü yapıyor. 1988'den beri Türkiye, Avusturya, Almanya, Yunanistan, İtalya, Belçika ve Fransa´da, Trakya ve Çukurova bölgelerinin yerleşim arkeolojisi ve tarihi-coğrafyası üzerine konferanslar verdi. 1999 yılında Alexander von Humboldt vakfının bursu ile Köln Üniversitesi, Eski Çağ Tarihi Bölümünde Çukurova eskiçağ yazıtları ile ilgili yayın çalışmalarını yürüttü. 1999 ile 2002 yılları arasında Bonn Üniversitesi, Klasik Arkeoloji Bölümünde Çukurova Eskiçağ Dönemi dini inanışları ve adakları aracılığıyla bölgenin komşu bölgelerle olan sosyo kültürel etkileşimlerini inceleyen araştırma projelerine katıldı. 2003 yılında İstanbul Üniversitesi, Edebiyat Fakültesi, Tarih Bölümü, Eski Çağ Tarihi Ana Bilim Dalına Profesör olarak atandı.
2004 yılından beri ICOMOS = Uluslararası Anıtlar ve Sitler Konseyi Türkiye Milli Komitesi üyesi 2005 yılından beri ‘Uluslararası Trakya Çalışmaları Grubunun üyesi olan Mustafa Hamdi Sayar 2006 Yılından beri Güneydoğu Avrupa Araştırmaları Merkez Müdürlüğü'nü yürütüyor. 2009 yılından beri İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Biriminde Edebiyat Fakültesi temsilcisi olarak görev yapıyor. 2010 Yılında İstanbul'da XI. Uluslararası Trakoloji Kongresini düzenledi ve Uluslararası Trakya Kültür ve Tarihi Çalışma Grubu tarafından bu uluslararası kuruluşun başkanlığına seçildi.
