Aslen Samsun'lu bir ailenin çocuğu olan Mustafa Suphi, 1883 senesinde Giresun'da dünyaya geldi. İlk öğrenimini Kudüs ile Şam'da, lise eğitimini Erzurum'da tamamladı. İstanbul Hukuk Mektebi'ni bitirdi. Sonrasında Fransa'ya gitti ve Paris'te bulunan siyasal bilgiler okulunda eğitim aldı. Bu dönemde İttihat ve Terakki Cemiyeti'yle yakın ilişkilerde bulundu. 1908 senesinde ülkesine geri dönen Suphi, Servet-i Fünun gazetesinde yazılar yazmaya başladı.
Bunun yanında Ticaret Mekteb-i Alisi'nde, Darülmuallimin-i Aliye ile Mekteb-i Sultani'de öğretim üyeliği yaptı. 1912 senesinde ittihatçılardan ayrılarak Milli Meşrutiyet Fırkası'na katıldı. 1913 senesinde Sinop'a sürgün edildi. 1914'de bir grup arkadaşıyla birlikte Rusya'ya kaçtı. I. Dünya Savaşı'nın başlaması üzerine Osmanlı tebaasından olduğu için tekrar sürgüne gönderildi. Ekim Devrimi'nden sonra Moskova'ya gitti ve Josef Stalin'in yardımcısı olan Mir Seyyit Sultan Galiyev'in sekreterliğini yapmaya başladı. Bu dönemde Kızılordu içinde örgütlenen Türk savaş esirlerinden bir birlik ile Rus İç Savaşı'na katıldı. 1920 senesinde Baküye gitti, Türkiye Komünist Partisi'ne üye oldu.
Komünist hareketin gelecekteki lideri olarak görülen Suphi, partinin aldığı karar doğrultusunda işgale karşı mücadele etmek için Anadolu'ya gönderildi. Ancak kurduğu birlik kısa sürede dağıldı. Mustafa Suphi 29 Ocak 1921 tarihinde 14 arkadaşı ile beraber Trabzon'dan Sovyetler'e gönderilmek için bindirildikleri teknede Kayıkçılar Kahyası Yahya Kahya tarafından öldürülmüştür.
