Şamil Salmanoviç Basayev , 14 Ocak 1965 tarihinde Çeçenistan‘ın dağlık Vedeno bölgesi'nin Vedeno köyünde dünyaya geldi. Basayev'in ailesi Rus İhtilali‘nden (6 Kasım 1917) sonra Çeçenistan'dan Kazakistan'a sürülmüş fakat 1957 senesinde Kruçev döneminde yurtlarına geri dönebilmişti.
1982 senesinde okuldan mezun olduktan sonra Sovyet Ordusu'nda iki sene askeri eğitim aldı. Dört sene boyunca, güney Rusya‘nın Volgograd bölgesinde çalıştı. 1987 senesinde Moskova‘da mühendislik eğitimine başladı fakat tamamlayamadı. Öğrencilik yıllarında devrimci kişiliği ile ön plana çıkmıştı. Moskova'da odasının duvarında Che Guevera‘nın posterinin asılı olduğunu verdiği bir demeçte dile getirdi.
Şamil Basayev , kod adı: Emir Abdullah Şamil Ebu-İdris, 1991 Ağustosunda Moskova'daki hükümet darbesi sırasında Boris Yeltsin taraftarları arasında yer aldı. Sovyetlerin dağılması üzerine bağımsızlığını ilan eden, ülkesi Çeçenistan'a dönerek Rus gizli örgütleri ile mücadele etmek üzere kurulan özel birlikleri yönetti. Adını ilk defa Çeçenistan'da yaşananları dünyaya duyurmak için 1991 senesinde bir Rus yolcu uçağını kaçırarak Ankara'ya indirdiğinde duyurdu.
1992 senesinde Çeçenistan Cumhurbaşkanı Cahar Dudayev‘in emri ile Abhazya'ya gönderilen Çeçen birliklerin komutanı iken, Abhazya'nın Gürcü işgalinden kurtulmasında birinci dereceden etkili olan Kafkas Halkları Konfederasyonu (KHK) birliklerinin komutanlığına getirildi. Fakat, Kafkasya‘da kurulacak bağımsız bir İslam devleti düşüncesine karşı olan Rusya, Dudayev'e karşı askeri birliklerini Çeçenistan'a gönderince, Basayev Abhazya'dan ayrılarak Çeçenistan'a döndü ve Dudayev'e karşı muhalefete geçen Rus yanlısı silahlı birliklerin dağıtılmasında etkili oldu. 1994 senesi aralık ayında Ruslar'ın Çeçenistan'ı işgal etmesiyle Çeçen komutanların en önemlilerinden biri haline geldi. 1995 senesi başında Rus savaş uçakları Şamil Basayev'in Vedeno'daki evini bombalayarak ailesinden, eşinin ve çocuklarının da aralarında bulunduğu 11 kişinin ölmesine neden oldular.
Rus güçlerin sivillere karşı giriştikleri katliamların en üst seviyelere ulaştığı15 Temmuz 1995 tarihinde, yaşananları dünya kamuoyuna duyurabilmek için Basayev ve Çeçen direnişçiler 63 kişilik özel birlikle Kafkasya'nın Stavropol (Şetkale) bölgesindeki Budenovsk şehrine baskın düzenleyerek aldığı 5000 kişilik rehineyle Rusları görüşme masasına oturtmuştu. Birkaç gün süren kuşatma sonunda 129 kişi hayatını kaybetti, 415 kişi yaralandı. Budenovsk operasyonu tüm rehinelerin serbest bırakılmasıyla sona erdi.
Şamil Basayev 1996 senesi Nisan ayında Çeçen Cumhuriyeti Silahlı Kuvvetleri Komutanlığı'na getirildi. Ve Rus güçlerinin Çeçenistan'dan çekilimesini sağlayan Cahar-Kale (Grozni) operasyonunu komuta etti. Rusya bölgeyi terk etti, 31 Ağustos 1996 tarihinde imzalanan Hasavyurt Antlaşması ile barış tesis edildi ve Aslan Mashadov devlet başkanı seçildi.
Basayev 1998 senesinde Cahar-Kale'de yapılan Çeçen-Dağıstan Halkları Kongresi'nde başkan seçildi. Kongrenin ikinci toplantısında alınan kararla 1 Ağustos 1999 tarihinde kurulan İslam Şûrâsı'nın başkanlığına getirildi.
Bağımsız bir Dağıstan-Çeçen İslam Cumhuriyeti'nin kurulmasını destekleyen Şamil Basayev ve Hattab, komuta ettikleri 2000 mücahit ile Dağıstan'daki haksız saldırıyı engellemek istediler. Rusya bölgeye müdahale etti, dahası Dağıstan ayaklanmasını bahane ederek Çeçenistan'a girdi ve böylece II. Çeçen Savaşı başlamış oldu. Rusya'nın I. Çeçen Savaşı ardından gelen barışı ihlal ederek Ekim 1999'da Çeçenistan'ı yeniden işgal etmesi üzerine Çeçenistan'a dönerek doğu cephesi komutanlığı görevini sürdürmeye başladı. İkinci savaş sırasında başkent Grozni'yi savunan Basayev, kentten çekilirken yaralanmış, bacağının bir kısmı kopmuştu. Basayev, Devlet Başkanı Aslan Mashadov'un emrinde Çeçenistan Silahlı Kuvvetleri Komutanlığı görevini sürdürmekteydi.
23 Ekim 2002 tarihinde Rus güçlerinin Çeçenistan'dan çekilmesini talep etmek için gerçekleşen devlet başkanı Aslan Mashadov'un bilgisi dahilinde yürütmemesi Basayev ile Mashadov arasında gerilime neden oldu. Ayrıca, Basayev 1 Eylül 2004 tarihinde Kuzey Osetya'nın Beslan kasabasındaki bir ilkokula yapılan ve Rusya'nın güya kurtarma operasyonu adı altında kendi vatandaşlarını katlettiği eylemin de sorumluluğunu üstlendi. Rusya, Beslan kasabasındaki eylemin ardından Basayev'in başına 10 milyon dolar ödül koymuştu.
Basayev, 17 Haziran 2006'da Çeçen-İçkerya Devlet Başkanı Abdulhalim Sadullayev‘in öldürülmesinden sonra yerine geçen Dokko Umarov‘un yardımcılığına getirildi.
Şamil Basayev, Devlet Başkanı Dokka Umarov'un emrinde Çeçenistan Silahlı Kuvvetleri Komutanlığı görevini sürdürmekteyken 10 temmuz 2006'da, İnguşetya Cumhuriyetinin Ekayeva köyü'nde, bulunduğu askeri konvoydaki bir patlayıcının kendiliğinden infilak etmesi sonucu yaşamını yitirdi.
Basayev'in, Çeçen Bağımsızlık hareketinin radikal kanadını temsil ettiği düşünülür. Rusya güvenlik güçlerine karşı düzenlediği sayısız gerilla saldırısının yanısıra, sivillere yönelik girişilen bazı eylemlerden de sorumlu tutulur. Basayev, Budenovsk baskını (1995), 23 Ekim 2002'de yapılan (Nord-Ost Rehine Krizi -Moskova tiyatro rehine krizi) Grozni karargahının bombalanması (Aralık 2002), 1 Eylül 2004'te yapılan Beslan okul rehine krizi ve Nalçık baskını (Ekim 2005) , bu tür terör olaylarının en bilinenlerindendir. ABC News, Basayev'i “Dünyanın en çok aranan teröristlerinden biri” olarak açıklamıştır. Eylül 2004'te Basayev, çoğu çocuk olan 350'den fazla kişinin hayatını kaybettiği ve yüzlercesinin yaralandığı Beslan katliamının sorumluluğunu üstlenmiştir.
Basayev Abhazyalı bir kadınla evlendi, biri erkek üçü kız olmak üzere dört evlat sahibi oldu.