1960 yılında Trabzon'un Arsin ilçesinde dünyaya gelen Şeref Malkoç, İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi mezunudur. Köy Hizmetleri 11. Bölge Müdürlüğü avukatlığı, Türkiye Denizcilik İşletmeleri genel müdürlüğü avukatlığı, Tes İş, Belediye İş, Öz Gıda İş, Öz İplik İş Sendikaları avukatlığı, Karadeniz Teknik Üniversitesi İktisadî ve İdarî Bilimler Fakültesi öğretim görevlisi, serbest avukatlık, Refah Partisi ve sonrasında Fazilet Partisi'nden TBMM XX. ve XXI. Dönem Trabzon milletvekilliği yapmıştır.
Fazilet Partisi'nin Anayasa Mahkemesi tarafından kapatılması üzerine Saadet Partisi'ne geçti. Burada genel başkan yardımcılığı görevinde bulundu.
Parti içinde yaşanan tartışmalardan sonra HAS Parti kurucuları arasında yer almış olup, HAS Partinin feshedilmesine kadar genel başkan yardımcılığı görevinde bulundu.
22 Eylül 2012'de AK Parti'ye geçti. AK Parti'de YSK temsilciliği ve Parti Siyasi Etik Kurulu Başkanlığı görevlerinde bulundu. Daha sonra görevlerinden ve partisinden ayrılarak Aralık 2015'te Cumhurbaşkanı Başdanışmanı oldu. Evli ve üç çocuk babası olan Şeref Malkoç 15 Kasım 2016 itibarıyla TBMM Genel Kurulunda, Kamu Başdenetçiliğine seçildi. 5 Aralık 2016 tarihinde göreve başlamıştır.
