İsrail, Filistin üzerindeki işgal ve ambargoyu sürdürürken, bu süreçlerde en sert tepkiler Türkiye'den gelmişti. Mavi Marmara baskınından sonra da Türkiye-İsrail ilişkileri bir çıkmaza girmişti. Son dönemlerde İsrail ile Türkiye arasında anlaşma zeminlerinin aranması, İsrail basınında yer buldu.
The Jerusalem Post gazetesinde yer alan siyasi analiz şu şekilde:
Mısır ile kavgalı olan Türkiye kendini Rusya ve İran'la bir çatışmanın ortasında buldu ve daha sonra NATO-ABD safındaki pozisyonunu kaybetti.
İsrail ve Türkiye 6 yıl önce Mavi Marmara olayı ile başlayan diplomatik krizlerine yakın bir zamanda son verdiklerini açıklasalar dahi, iki ülke arasındaki ilişkiler eskisi gibi olmayacaktır. On yıl öncesine kadar iki ülke arasında olan güvenlik ve istihbarat alanındaki altın çağ geri gelmeyecektir.
Türkiye, insansız uçak, istihbarat sistemleri, tank ve uçak parçaları üreten İsrail güvenlik endüstrisi için büyük ve oldukça önemli bir pazardı. Yıllarca Mossad ve Türk İstihbarat Teşkilati MİT arasında ciddi bir işbirliği vardı. Ortak toplantılar düzenleniyor, her iki ülkenin durumu değerlendiriliyor ve bilgi alışverişi yapılıyordu.
Bu işbirliği 1958 yılında Şah dönemindeki İran istihbaratı, Mossad ve Türk İstihbaratı arasında bir pakta dayanıyordu. İsrail'de bu Pakta "Clil" yani "tamamlanmış şey" deniyordu.
Bu ilişkilerin bozulması ise 2002'de Recep Tayyip Erdoğan'ın iktidara gelmesi, başbakan oluşu ve cumhurbaşkanlığına ulaşan süreçte gerçekleşti. İlişkilerin daha da bozulması ise Mavi Marmara olayından sonra yaşanan tedrici bir süreç oldu. Ancak Mavi Marmara'dan sonra yaşananlar güvenlik-istihbarat alanındaki işbirliğinin kopmasına ve diplomatik krize sebep olsa da, Erdoğan döneminde ticari bağlar ve turizm gelişti.
Son süreçte ise ilişkilerin tekrar iyiye dönmesi yönündeki adım da Ankara'dan geldi. Erdoğan'ın savunma ve dış politikaları oldukça başarısız oldu. Kendini Osmanlı İmpoaratorluğunun müceddidi ve 21. yüzyılın modern sultanı olarak gördü. Türkiye'yi Ortadoğu'nun en büyüğü olacak bölgesel bir güce dönüştürmek istedi ancak bunu başaramadı.
Bunun sonucunda da Erdoğan Suriye'de Beşar Esad'ın gitmesini isterken. Türkiye kendini Suriye üzerinden İran ve Rusya ile çatışırken buldu. Müslüman Kardeşlere verdiği destek sebebiyle Mısır ile arası oldukça kötüleşti. Irak ve Suriye'de dahil olmak üzere Kürt nüfusa karşı yürüttüğü savaşla beraber NATO'daki etkisini ve ABD'nin yanındaki yerini yavaş yavaş kaybetti. Türkiye şuan hiç olmadığı kadar izole edilmiş ve yalnızlaştırılmış durumda. Türkiye'nin Yahudi devleti ile yakınlaşma sebebi ise ABD ile gerilen ilişkilerin İsrail üzerinden düzeltilmesini istemesi. Tabi bunun yanında bir de Rusya'ya bağımlılığı azaltmak için İsrail doğalgazına duyduğu ihtiyaç da var.
İki ülke arasında Mavi Marmara olayından kaynaklı sorunların çoğu aşılmış durumda. Netanyahu 9 Türk vatandaşının hayatını kaybettiği bu hadiseden dolayı özür diledi ve hayatını kaybedenlerin ailelerine 25'er milyon dolar tazminat ödemeyi kabul etti. Türkiye Hamas'ın askeri kanat sorumlusu Salah Aruri'yi sınır dışı etti ve Mavi Marmara baskınını gerçekleştiren İsrail askerlerine açtığı davalardan da vazgeçmeyi kabul etti. Ancak en büyük sorun ise Gazze ve Hamas ile alakalı. Türkiye bir ayağının Gazze Şeridi'nde olmasını istiyor. Savunma Bakanı Moşe Ya'alon ise buna kesinlikle karşı çıkıyor.
Anlaşma sağlanması ve krizin bitmesi halinde oluşacak ittifakın üç ayağı Türkiye-İsrail-Mısır olacak, stratejik olarak da Mısır, İsrail için şu an Türkiye'den çok daha önemli bir konumda.