Türkiye'nin Yunanistan ile yaşadığı sorunlardan birisi de "Dini özgürlükler alanında yaşanan sıkıntılar" Yunan yönetimi, 1913 Atina Antlaşmasıyla öngörülmüş, 1920 yılında kabul olunan bir yasayla Yunan iç hukukuna dercedilmiş ve 1923 Lozan Antlaşmasıyla güvence altına alınmış olan “Azınlık'ın dini liderleri olan müftülerini seçme hakkını”, 1920 tarihli yasayı ilga eden 1990 tarihli bir Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile BTTA'nın elinden almış ve Müftülerin Yunan yönetimince tayinle işbaşına getirilmelerine yönelik yeni bir uygulama başlatmıştır.

Müftülerin tayını meselesi

Müftülerin tayinle işbaşına getirilmesini öngören sözkonusu Kararname, 22 Ocak 1991 tarihinde Yunan Meclisi tarafından onaylanmıştır. Bunun neticesinde bugün Azınlığın seçmiş olduğu Gümülcine ve İskeçe Müftülerine karşın Gümülcine ve İskeçe'de Yönetim tarafından tayin edilmiş birer müftü bulunmaktadır.
Türk Dışişleri Bakanlığı'nın resmi verilerine göre; Seçilmiş Müftüler tarafından AİHM'e götürülen davalar sonucu alınan 5 AİHM kararından dördünde Yunanistan'ın, AİHS'nin ifade özgürlüğünü güvence altına alan 9. maddesini ihlal ettiğine; birinde ise AİHS'nin adil yargılanma hakkını güvence altına alan 6. maddesinin ihlal edildiğine hükmedilmiştir.

240 İmam Yasası

Öte yandan, Yunanistan, 2013 yılında halk arasında “240 İmam Yasası” olarak bilinen bir yasal düzenlemeyi azınlığın isteği hilafına hayata geçirmiştir. Böylelikle, azınlığın uluslararası anlaşmalarla teminat altına alınmış olan din ve eğitim alanındaki özerk yapısı bir kez daha aşındırılmıştır.

Azınlıklar ile ilgili durum

Bir diğer önemli sorun ise Türk Azınlığa ait vakıfların, otonomilerini tanımayan ayrımcı mevzuata tabi olması... 21 Nisan 1967 darbesiyle Yunanistan'da iktidara gelen Yunan cuntası, Lozan Antlaşmasının 40. maddesi (Batı Trakya Türk Azınlığı'nın giderlerini kendileri karşılamak üzere, her türlü hayır kurumu, dinsel ve sosyal kurum, her türlü okul ve buna benzer öğretim ve eğitim kurumları kurmak, yönetmek, denetlemek ve buralarda kendi dillerini serbestçe kullanmak ve dinsel ayinlerini serbestçe yapmak konularında eşit hakka sahip olması) hilafına, seçimle işbaşına gelmiş olan Gümülcine ve İskeçe Türk Cemaati Vakıfları İdare Heyetlerini azletmiş ve bu heyetlere kendi belirlediği kişileri tayin etmiştir.

Azınlığın 1967 yılından itibaren yönetiminde söz hakkına sahip bulunmadığı vakıflarına tahakkuk ettirilen gelir ve emlak vergilerinin yüksekliği nedeniyle vakıf malları vergi borçları nedeniyle ipotek altına alınmıştır. Yunan Parlamentosu tarafından 27 Mart 2007 tarihinde kabul edilen Yasa ile getirilen vergi affı sorunları çözememiş olup, vakıflar geçmişten kaynaklanan borçlar nedeniyle halen baskı altındadır.

Kağıt üzerinde uygulama

Diğer taraftan, Batı Trakya Türk Azınlığı vakıflarına ilişkin olarak Yunan Meclisi'nde 13 Şubat 2008 tarihinde kabul edilen Yasa, kağıt üzerinde Azınlığa vakıfların yönetim kurullarının üyelerini seçme fırsatını sunmaktadır. Bununla birlikte, sözkonusu Yasa ile vakıfların işleyişi Doğu Makedonya-Trakya Bölgesi Genel Sekreteri (Ocak 2011 itibariyle Doğu Makedonya-Trakya Bölge Başkanı) ve Azınlığın tanımadığı ‘atanmış müftülerin' denetim ve onayı altına alınmaktadır. Yasa, ayrıca, vakıf mallarının idaresini bölmekte ve okul vakıflarını, üyeleri keza Bölge Başkanlığı tarafından atanabilen okul Encümen Heyetlerinin denetimi altına koymaktadır.
Azınlığın en üst karar organı olan Batı Trakya Türk Azınlığı Danışma Kurulu, bu çerçevede, Yasa'nın bu şekliyle uygulanmasına karşı olduğunu, zira Azınlığın Yasa'ya ilişkin görüş ve tepkilerinin Yunan Yönetimince dikkate alınmadığını açıklamıştır.