Cumhuriyet'ten Kemal Göktaş'ın haberine göre, darbe girişiminden önce tamamlanan iddianamede, “Örgüte karşı yürütülecek soruşturmayı engellemek için FETÖ, bir yandan da kripto elemanlarına hükümet eliyle mevzuat değişikliği yaptırılması için görev vermiş, soruşturmayı güçleştiren her türlü hukuki tedbir el altından alınmıştır. Dosyaların her avukat tarafından görülebilmesi, suret alınması, tutuklama, el koyma ve dinleme gibi delil elde etme yöntemlerinin hiç yapılamaz şekilde zorlaştırılması gibi birçok mevzuat değişikliği yaptırılmıştır. Bu kanuni engeller soruşturmanın seyrini etkilemiş ve delil elde etmek imkansız hale getirilmiştir” dendi.
İddianamede belirtilen kanun değişikliği, 17-25 Aralık soruşturmalarından hemen sonra, Şubat 2014'de yapılmıştı. Kanun değişikliğinin 'hükümetin cemaat yargısı tarafından kendilerine karşı açılacak soruşturmalar nedeniyle yapıldığı' yorumu yapılmıştı. Hükümet tam bir yıl sonra söz konusu düzenlemeleri geri çekmişti.
TSK içindeki cemaat yapılanmasının endişe verici boyutlara ulaştığı belirtilen iddianamede, “Askeri disiplin ve hiyerarşinin dışında bir de örgütlü TSK cemaat yapılanması bulunmaktadır. Bu yapıyı kuranlardan tanık Kemalettin Özdemir, TSK'nın içinde en az yüzde 60 ile yüzde 80 FETÖ mensubu olduğunu anlatmıştır. FETÖ için öncelikli yer TSK'dir. TSK içerisindeki bu yapı ordu disiplinini bozacak ve ülke savunmasında zafiyet oluşturacak bir yoğunluğa ulaşmıştır” dendi.
Kimi cemaat mensuplarının TSK içindeki bu yapılanmaya güvenerek iç savaş ve askeri darbeden söz ettiği belirtilen iddianamede şu ifadelelere yer verildi:
“Hava Kuvvetleri Komutanlığının yetişmiş pilotları paralel yapıya yer açmak için TSK'dan uzaklaştırılmıştır. Uzman pilotlar, sivil havacılık pilotluğuna geçmek zorunda kaldığından uzman pilot subay kalmamış, savaş jetlerinin kaza sayısı artmıştır. Kazalar pilot hatalarından kaynaklanmasına rağmen yeterli inceleme yapılmamıştır. Jandarma Genel Komutanlığında hatırı sayılır bir FETÖ yapılanması bulunmaktadır. Jandarma Genel Komutanlığı, ilgili birimlerinden soruşturmada belge ve bilgi talep etmiş ve jandarmanın arşivinde bu yapılanma ile ilgili hiçbir bilgi ve belge olmadığı dolayısıyla haklarında soruşturma yürütülen kişilerle ilgili ellerinde delil olmadığını bildirmiştir.”
TSK içinde önemli oranda kurmay subay rütbesinde cemaatçi bulunduğu belirtilen iddianamede, “Askeri yargı önemli ölçüde Fetullahçı hakimlerden oluşmaktadır. Bu nedenle de örgüte yönelik yapılan hiç bir soruşturmadan doğru dürüst netice elde edilememektedir. TSK içinde 2006'da başlatılan ve yüzlerce klasöre ulaşan soruşturmada bir kişi bile yargılanamamıştır” dendi.
İddianamade şu ifadeler kullanıldı:
“TSK içindeki FETÖ mensuplarına yönelik hiçbir ciddi çalışma yapılamamıştır. Somut delil olmaması, Balyoz, Ergenekon gibi davalarla TSK'nın yıprandığı, birde FETÖ unsurlarına yönelik yapılacak çalışmanın TSK'yı huzursuz edeceği, motivasyonu düşüreceği ileri sürülerek FETÖ'nün askeri yapılanmasının araştırılması önlenmektedir. Gerçekte somut deliller olmasına rağmen TSK bünyesindeki FETÖ mensuplarına karşı etkili bir tedbir alınmamaktadır. Örgüte karşı olan bir kısım subaylar sempatik ilişkiler veya gelecek kaygıları ile hareketsiz bırakılıp örgüte karşı çıkamaz hale getirilmiştir. Örgütle ilişkisi olmayan bir kısım TSK mensupları ise sivildeki işleri halledilip makam ve para kullanılarak menfaat karşılığı örgüte boyun eğmek zorunda bırakılmıştır.”
İddianamede, cemaatin çözüm süreci ile ilgili politikadan rahatsız olduğu belirtilerek Fethullah Gülen'in “köteksiz çözüm olamayacağı” sözleri üzerine cemaatin emniyet ve yargı içindeki kadrolarının PKK'nın şehir yapılanmasına (KCK) karşı operasyonlara başladığı anlatıldı. İddianamede “Emniyet ve özel yetkili savcılar, teröre karışsın karışmasın örgüt ile organik bağı olsun olmasın siyaseten muhalif olan veya siyasi eylemlere katılan herkesi PKK üyesi olarak tanımlamıştır. FETÖ, terörle mücadelede hükümet ve devletin kendisine muhtaç kalmasını ve kargaşayı istemektedir. Diyarbakır'da, BDP'de arama yapılmış ve emniyet arşivinden çıkarılmış Oslo görüşmeleri ve o görüşmeler çerçevesinde düzenlenen bazı belgeler bulunmuş gibi sahte belge düzenlenmiştir. Devletin çözüm süreci politikasının doğru olmadığı, örgütle görüşmenin yanlış olduğu havası özellikle cemaat çevrelerince yayılmıştır” dendi.
İddianamede bunun sonucu olarak PKK ile barış sürecini yürüten MİT Müsteşarı Hakan Fidan ve MİT yöneticilerinin 7 Şubat 2012'de “şüpheli” sıfatıyla ifadeye çağrıldığı ve operasyonun başbakanın ameliyat olacağı günlerin arifesine denk getirildiği anlatıldı.
