Kitabesinde Selçuklu Hükümdarı Alparslan'ın Anadolu'yu fethinden sonra yapıldığı belirtilen Musalla Cami, İsmet İnönü döneminde cezaevine dönüştürüldü. O yıllarda bu cezaevinde mahkum olanlar ve onların yakınları yaşananları anlattı. 32 yıl boyunca kapalı cezaevi olarak kullanılan cami daha sonra Alaybey Vakfı tarafından restore edilerek 1972 yılında yeniden cami olarak düzenlendi. Caminin cezaevi olarak kullanıldığı dönemlerden sadece radyo anteni görevi gören iki adet plastik kaldı. Musalla Cami İmam Hatibi Mustafa Gürbüz, bu plastikleri camide muhafaza ediyor.
Adıyaman Kültür ve Turizm Müdürü Mustafa Ekinci, Ertuğrul Gazi'nin Adıyaman'a geldiği ile ilgili bazı kaynaklarda bilgiler yer aldığını söyledi. Mustafa Ekinci, "Adıyaman Musalla Cami kitabesinde Türklerin Anadolu'ya geçerken Anadolu'da ilk yaptırdığı mescit olarak geçiyor. Aşık Paşa Tarihinde aynen ifade şu şekilde yer alır: 'Er Dıngrıl Hısn-ı Mansur'a gelir, Hısn-ı Mansur'da konaklar.' Er Dıngrıl kanaatimce Ertuğrul Gazi olsa gerek. Yani Orta Asya'dan Türkler güç ederken Anadolu'ya, ilk uğradığı yerlerden bir tanesi Adıyaman olmuştur. Muhtemelen o zaman Türklerle müşerref olmuşlardır. Dolayısıyla Musalla Cami o dönemlere denk düşüyor. Çünkü kitabesinde Alparslan Malazgirt Zaferinden sonra yani 1071'den sonra yapıldığı yazılıyor. Dolayısıyla Türklerin Anadolu'da yaptırdığı ilk mescit olarak geçiyor. Burası Osmanlılar döneminde yüz yılarca cami olarak hizmet vermiş. Bir Vakfa ait bir cami olarak hizmet vermiş. Ancak Cumhuriyet döneminden sonra burası cezaevine dönüştürülmüş, 1972 yılına kadar cezaevi olarak kullanılmış. 1972 yılından sonra restore edilerek tekrar camiye dönüştürülerek günümüze kadar cami olarak kullanılmaktadır" dedi.
Müdür Ekinci, caminin cezaevi olduğu yıllarda kendisinin de cezaevinde yattığını ve cezaevine dayısına yemek getirdiğini söyledi.
Caminin cezaevi olduğu yıllarda 6 ay cezaevinde yatan Ali Ekinci ise o dönem yaşadıklarını anlatarak, "1970 yılında ben burada 6 ay mahkum yattım. Başka cezaevi yoktu, burayı cezaevi yapmışlardı. Buralar o zamanda böyle idi. Ranzalar vardı. O dönem dışarı çıkmanın özlemiyle pencerelerden dışarı bakardık. Cezaevlerinde o zaman yemek yoktu. Bütün yemeklerimiz evlerimizden getirilirdi. Kendimizde pişirirse gaz ocağı vardı. Tüp o zaman yoktu. Yemek ve çaylarımızı gaz ocağında pişirdir. Bizden sonra yeni cezaevi yapıldığı için yeniden cami oldu" dedi.
Musalla Cami İmam Hatibi Mustafa Gürbüz ise konuşmasında, "Alparslan'ın Anadolu fethinden sonra yaptırdığı ilk mescitlerden birisi Musalla Cami'dir. Daha sonra Cumhuriyet döneminde 32 yıl cezaevi kullanıldıktan sonra 1972 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restore edilerek hizmete sunulmuştur. Cezaevinden kalma tek şey radyo anteni görevini gören bu plastiktir" dedi.
Mahmut Bal ise 1966 yılında cezaevinde mahkum olan amca oğlunu ziyarete geldiğini ve o dönem caminin cezaevine dönüştürüldüğünü söyledi.
Selçuklular zamanında Arap tarzı mimarisiyle yapıldığı tahmin edilen caminin duvar kalınlıkları 130 santimden oluşuyor. Caminin kuzeyinde orta kısımdaki kubbe, diğerleri düz dam örtülü olan sivri kemerler ile avluya açılan beş gözlü son cemaat yeri bulunuyor. Kıble duvarının ortasına yerleştirilmiş olan mihrap, iki sütunceye oturan sivri kemerli mukarnas kavsaralı olup mihrabın yanında ise taştan yapılmış minbere sahip.