Koca, sağlık sektöründe çeşitli görevlerde bulundu. Hekimlik ve medikal direktörlük görevlerini yerine getirdi. Türkiye'nin sağlıkta dönüşüm politikaları doğrultusunda çeşitli atılımlar gerçekleştirmek amacıyla kurduğu ve başkanlığını yaptığı sağlık kurumlarında önemli çalışmalar gerçekleştirdi. 2009 yılında kurulan İstanbul Medipol Üniversitesi'nin Mütevelli Heyeti Başkanlığı görevini üstlendi.
Evli ve dört çocuk babası olan Fahrettin Koca, çeşitli derneklerde ve kuruluşlarda üyelik ve başkanlık görevlerinde bulundu. Bunlar arasında Türk Pediatri Kurumu, Pediatrik Metabolizma ve Beslenme Derneği, İstanbul Ticaret Odası Sağlık Meslek Komitesi, Özel Hastaneler Sağlık Kuruluşları Derneği, Dış Ekonomik İlişkiler Konseyi Eğitim Komitesi İş Konseyi Başkan Yardımcılığı, Vakıf Üniversite Hastaneleri Derneği başkanlığı ve Hizmet İhracatçıları Birliği Sağlık Hizmetleri Komitesi Başkanlığı yer alır.
Cumhurbaşkanı'nın takdiriyle yeni kabinede Sağlık Bakanı olarak atanan Fahrettin Koca, bu göreve getirilmesi için teşekkürlerini dile getirerek, "Görevimin bu döneminde de aziz milletimize hizmeti hayatımın en üstün amacı bileceğim. Sorumluluğum, milletimiz kadar büyüktür" ifadelerini kullandı.
Sağlık Bakanı Fahrettin Koca, Türkiye'deki sağlık sektörünün yönetiminden sorumlu olarak, sağlık hizmetlerinin kalitesini artırma, hastanelerin modernizasyonunu sağlama, sağlık politikalarının oluşturulmasında rol alma ve halk sağlığı konularında çalışmalar yürütme gibi önemli sorumlulukları üstlenmektedir.
