İstanbul Başakşehir Futbol Kulübünden yapılan açıklamada, "Kulübümüz, başarılı futbolcu Soner Aydoğdu ile 3 yıllık anlaşmaya varmıştır. Yeni transferimiz Soner Aydoğdu'ya, 'aramıza hoş geldin' diyor, turuncu-lacivertli formamız altında başarılar diliyoruz." denildi.

Soner'in kendisini turuncu-lacivertli renklere bağlayan imzayı kulübün asbaşkanı Mustafa Saral'ın da yer aldığı törenle attığı bildirildi.

2015-2016 sezonunun devre arasında Teleset Mobilya Akhisarspor'a transfer olan Soner, 2,5 sezon yeşil-siyahlı ekibin formasını giydi. 27 yaşındaki orta saha oyuncusu, geride kalan sezon ligde 28 müsabakada 7 gol kaydetti.

Soner Aydoğdu, kariyerinde Gençlerbirliği, Hacettepe ve Trabzonspor formaları da giydi.